Los grafitos están realizados por diferentes personas, de manera espontánea y sin ninguna finalidad artística. Más bien se puede tratar de peregrinos del camino de Santiago, u otros vecinos de la comarca: juglares, campesinos, guerreros, artesanos y muy pocos canteros, pues resulta muy difícil encontrar sus marcas.

Los primeros en percatarse de la presencia de los grafitos fueron los guardas Tarsicio Lejárraga y Teodoro Lejárraga. Dieron cuenta de ello, en el año 1981, al profesor Urbano Espinosa Ruiz, por entonces profesor de la Universidad Complutense de Madrid, en el curso 1982-1983, y tras su inspección comprobó que se encontraba ante un importante hallazgo. El descubrimiento fue comunicado a la Consejería de Cultura del La Rioja y los periódicos regionales se hicieron eco de la noticia (días 3 y 4 de septiembre de 1983).

Ni Gómez Moreno, ni Francisco Iñiguez Almech, ni Jacques Fontaine, ni Rafael Puertas Tricas, que podemos considerar como los principales investigadores del monasterio de Suso, se percataron de la existencia de los grafitos. Sin embargo, el agustino Diego Mecolaeta, en el siglo XVIII, parece darse cuenta de algunas marcas o jeroglíficos debajo de los yesos que “blanqueaban” la iglesia —costumbre que se generalizó hacia el siglo XVII— y que sólo se podían ver en los desconchones producidos al desprenderse este revoque, según lo recoge Joaquín Peña.

El profesor Urbano Espinosa formó un grupo de trabajo con varios estudiantes con el fin de proceder al calco de los grafitos durante el verano de 1983 con el apoyo del guarda Teodoro Lejárraga. Y en 1998 se publicó el único estudio hasta la fecha de los grafitos del monasterio de Suso, de la mano de Miguel Ibáñez Rodríguez y Teodoro Lejárraga Nieto.

Los motivos representados son muy variados y de gran interés: soldados, campanarios, procesiones, nombres de novicios que tomaron el hábito, referencias a ermitas, motivos vegetales, etc.

  Posteriormente, en 2004, la profesora Begoña Arrúe realizó un estudio de los grafitos del antiguo noviciado y torre del monasterio. Y junto a María Jesús Martínez Osorio y María Cruz Navarro Bretón, realizaron el estudio de los grafitos del claustro bajo del monasterio de San Millán de Yuso antes de las obras de restauración y limpieza del monasterio, dándolo a conocer en 2004: “El sistema hallenkirchen en La Rioja: de los modelos conservados al singular ejemplo de San Millán de la Cogolla”, en M. C. Lacarra Ducay (coord.), Arquitectura religiosa del siglo XVI en España y Ultramar, pp. 115-158. Institución Fernando el Católico, Zaragoza).